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这个问题其实是有历史根源的，而且追溯来看，并不是只从朱元璋说起就行。
晚唐以后，尤其是南宋后期正规军的地位就已经不断下降，而辅助兵则得到了令人瞩目的发展。所谓辅助兵，即在军队建制或地位上较诸正规军或主要战斗兵低下，居于次要地位，或者是游离于正规军编制之外，却又有一定官方合法色彩的武装力量——比如岳家军，又比如当下的武装家丁。
究其原因，是由于自北宋以来，社会上重文轻武，中枢裁抑军队，导致军人地位下降。相应的士兵待遇也不断下降，因为军户不允许从事副业，军官则把吃空额当作收入来源，无疑使得正规军的战斗力大为下降。
原来在隋唐时期地位较高的军人，现在不仅成为处于农民之下的阶层，甚至还成为不务正业的反面形象。军人地位的不断下降，导致正规军的士气日益低落，军队成分日益繁杂而不堪大用。
明代的卫所兵制在初建之时，算是解决了后勤给养的问题，使得财政负担减轻，其特点是寓兵于农，守屯结合。屯田成为各级军队指挥官的重要职责之一，依当时规定，边地卫所的守屯比例为三分守城，七分屯田，这样做节省了大量军费开支。
太祖朱元璋曾以此自豪宣称：“朕养兵百万，不费国家一钱”。然而事实上，军队的战斗力和训练程度、却因为大量的屯垦任务而日渐削弱。
之所以朱元璋时期乃至朱棣时期的军队依旧保持着强大的战斗力，那主要是因为当时的军功勋贵集团还比较强势，而且国家周边并不宁静，时不时就有“实战锻炼”的机会，所以当时的军队靠着这种惯性，还维持着一定的战斗力。
其实从靖难之役就可以看得出来，当时南京周边的部队，其战斗力已经出现了下降。单位兵力大致相同的情况下，南京的军队明显打不过朱棣的部队，原因就是南方已经承平了一些年头，而朱棣那边还动不动就和北元开片。
另外，军籍和民籍严格分开也是一个大问题。具有军籍的人分为两种：军官与士兵，这两种人都有军田，而且都是世袭。军官世袭变成了贵族，士兵世袭变成了农奴，这就很操蛋了。
而士兵世袭又是一人从军就永为军户，永不和民户混杂。尽管长处在于兵源有保证，士兵生活较稳定，但作为世袭贵族的军官由于生活太有保障，而一代又一代的懒散下去，最终就是随着时间推移而越来越烂。
而作为世袭农奴的士兵则终身任人驱使，前途没有希望，其中稍稍有点上进心的，都会自发的逃亡。而不断的逃亡，就更在很大程度上削弱了卫所兵的战斗力——毕竟剩下的都是渣渣啊。
再一个，明代重文轻武之风更盛往昔，科举之兴盛也超过前朝。科举入朝成为各阶层最向往的坦途，武业更贱，卫所兵的士气、地位日益低下，战斗力也更加参差不齐。
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